A história começa quando o estudante Mutou Kazuki é morto uma noite ao salvar uma misteriosa garota de um monstro, até que ele acorda e acredita que tudo não passou de um sonho. Porém logo ele percebe que o sonho era real, quando ele e sua irmã são atacados por um monstro serpente. Tsumura Tokiko, a garota do sonho, explica que o monstro é um Homumculos. Kazuki havia sido morto por ele ao salva-la, no entando ela o reviveu colocando um Kakugane em seu peito.

Segundo a explicação de Tokiko, Kakugane é um dispositivo que utiliza propriedades da alquimia que quando ativado além de criar uma arma poderosa (busou renkin) dá a seu portador a força para derrotar os homunculos. Kazuki então se junta a Tokiko em sua luta contra os homunculos.